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办公室：负责协调行政事务工作；拟定工作计划和工作总结；负责文秘、人事、财务、后勤、安全保卫、保密、档案管理、接待；负责党务、纪检、监察；负责工会、共青团、妇委会、计划生育工作；负责固定资产的调配、使用和管理；负责车辆及司机管理；负责组织拟定卫生监督所规章制度。

公共卫生监督科：负责组织拟定公共场所、生活饮用水卫生监督工作规划并监督实施；依法行使公共场所、生活饮用水卫生监督管理职责；依法行使涉水产品卫生监督职责；协助开展食品安全综合协调和督导工作，参与对重大食品安全事故的调查处理；协助开展食品安全风险评估和预警工作；拟定食品安全事故信息报告制度，组织收集和分析食品安全事故信息，协助重大食品安全信息的发布。

医疗与消毒卫生监督科：依法行使医疗机构、母婴保健机构、采供血机构的卫生监督执法职能；依法行使传染病监督管理职能；负责对传染病、消毒卫生、医院内感染卫生监督管理工作；查处依法医疗广告行为。负责组织拟定学校卫生监督工作规划并监督实施；依法行使学校卫生监督管理职责；

综合执法科：负责建设项目职业危害评价和职业健康的监督管理，依法承担对职业卫生技术服务机构的监督执法工作；负责放射卫生监督工作，依法行使放射卫生监督管理职责；协助指导、监督、协调全市卫生监督执法工作及卫生监督机构的行政稽查；负责各类卫生信访案件的调查处理，负责违法案件的调查取证，提出处罚建议、执行行政处罚决定；负责卫生部门整顿和规范市场秩序日常工作及打假工作；组织公共卫生事件的应急处理，负责突发公共卫生事件的接报、横转、上报及汇总、分析和总结。

受理发证科：负责市卫生局交办的受理卫生许可和执业许可的申请、发证等工作；健康相关产品、医疗广告审核、核发健康合格证和卫生知识培训合格证。